По мнению Медведева, процедура помилования должна проходить "в строгом соответствии с нашими правилами". "Но это не может быть решением, которое обсуждается на межгосударственном уровне, и решением, которое принимают политики", - сказал Медведев. При этом российский президент отметил, что "вопросы помилования не должны быть предметом межгосударственных переговоров".
Премьер-министр Владимир Путин 31 мая в интервью французской газете Le Monde на вопрос о возможном сокращении срока заключения Ходорковского или облегчении условий его содержания ответил, что президент Медведев "должен принимать это решение совершенно самостоятельно", опираясь на законодательство.
Ходорковский и глава группы "МЕНАТЕП" Платон Лебедев 31 мая 2005 года за ряд налоговых преступлений были приговорены Мещанским райсудом Москвы к 9 годам лишения свободы, впоследствии этот срок был сокращен до 8 лет. 5 февраля 2007 года Ходорковскому и Лебедеву предъявили обвинения по статьям 160 ("Хищение путем присвоения") и 174 ("Легализация (отмывание) денежных средств или иного имущества") УК РФ. Оба находятся в следственном изоляторе Читы и знакомятся с материалами второго дела.