Он отметил, что в система образования идет "вниз по лестнице, идущей вверх". С 90-х годов прошлого века количество платных мест в учебных заведениях увеличилось с 25 процентов до 60-и. Для сравнения: в Германии количество бесплатных мест увеличилось до 90 процентов.
Комков также не согласен с заявлением министра образования Фурсенко о необходимости сокращения количества вузов. "Одна тысяча образовательных учреждений для России — это очень мало", — сказал Комков. Также он заявил, что надо наводить порядок в системе образования, но не уничтожать уже существующее. И, по его словам, остается открытым вопрос, кто и по каким критериям будет принимать решения о закрытии вузов.
Ученый считает, что для российской экономики выгодны вложения в систему развития образования. Он также назвал ЕГЭ "катастрофой национального характера". Комков осуществляет юридическое сопровождение жалобы, поданной группой родителей учеников в Конституционный суд о том, что ЕГЭ нарушает конституционное право на бесплатное поступление в вуз на конкурсной основе, и что до вступления в силу закона о ЕГЭ, которое намечено на 1 января 2009 года, он внедряется как эксперимент, но при этом, с точки зрения его противников, насильственно.